I report on the association between variants with a minor allele frequency included between 1% and 5% and the phenotypes: self-reported Chronic Fatigue Syndrome and chronic asthenia not otherwise specified (ICD10: R53). The analysis was performed on a metadata file generated from the UK Biobank database. Patients with self-reported CFS (both sexes) showed a significant increase (p = ) in the frequency of the alternative allele of variant rs148723539, 10:131677233:G:A on h19, an SNP of the intronic region of gene EBF3. Female patients with R53 showed a significant association (p = ) with variant rs182581502, 7:56492485:G:T on h19, which belongs to the intronic region of pseudogene RP13-492C18.2 (gene_id: ENSG00000237268.2). This analysis completes a previous one (here) performed only on common variants (minor allele frequency above 5%).
Introduction
In a previous blog post (here), I reported on the association between self-reported Chronic Fatigue Syndrome and a region of chromosome 13, in particular variant rs11147812. This result was obtained by performing a set of analyses on a metadata file generated by Neale’s Lab from the UK Biobank dataset. The analysis included about 14 million variants, 1659 patients (451 males), and 300k controls. I focused on common variants (minor allele frequency above 0.05) and I used a cut-off for statistical significance of . I performed a similar analysis on chronic asthenia not otherwise specified (ICD10: R53) and I found an association between male patients and variant rs62092652.
Here, I report on the results of the same set of analyses for variants with a minor allele frequency below 0.05 and above 0.01. I used a more stringent cut-off for statistical significance of (read this blog post for an introduction to the p value in GWAS).
Methods
I considered again the phenotypes: self-reported CFS and R53. I filtered out variants too far from the Hardy-Weinberg equilibrium (in the total UK Biobank sample) by using a cut-off of when testing the null hypothesis: the alleles are in HWE. I filtered out variants with expected minor allele count below 25, in cases.
Results
When considering self-reported CFS, the only statistically significant association was between variant rs148723539 (10:131677233:G:A on h19) and the group of patients that included both sexes (Table 1). In particular, the association is between the alternative allele and patients (in other words, patients have a higher frequency of the alternative allele A than controls). This is an intronic variant of gene EBF3. No association was found after stratification by sex.
When considering chronic asthenia not otherwise specified (ICD10: R53), the analysis for the whole sample (both sexes) gave no associations. When considering females only, variant rs182581502 (7:56492485:G:T on h19) reached statistical significance with the alternative allele more frequent in patients than in controls (Table 2). This is an intronic variant of pseudogene RP13-492C18.2 (gene_id: ENSG00000237268.2). No associations were found for males only.
Table 2. Chronic asthenia not otherwise specified (ICD10: R53), females only (n = 456).
Variant rs182581502 is associated with changes in gene expression of gene CHCHD2 in several tissues (see this page). The alternative allele (the one more frequent in female R53 patients) is associated with an increase in the expression of CHCHD2 in the hippocampus and basal ganglia, for instance. No effects on gene expression have been found for rs148723539.
I can’t sit at a desk, if not for short periods: sitting drastically reduces my cognitive performance. This corner is where I spend my days, during summer.
In general, having such a heterogenous display of books at hand (from biology to math, from anatomy for arts to computer science, etc.) is not good, if you have to focus on a project. But in my case, I find that when I am too sick to do mathematics, I may still have some energy left, to spend on drawing or reading.
So, if I want to minimize the time lost, I have to continuously switch activities, according to how I feel at that particular moment. And still, most of my life goes wasted, despite my best efforts.
I have calculated that the total amount of good days per year (the ones during which I can think) is of about two months, on average. Some years I had more days than that, several years I did not improve at all. This has been my life since I was 20-22.
Catullo ha scritto quasi 21 secoli fa ma è contemporaneo, sia per il linguaggio che per il contenuto. Solo la lingua è antica; ma sopravvissuta plus uno perenne saeclo, se si pensa che ancora all’inizio del Novecento il latino si usava per gli articoli scientifici (R). Non dico nulla di nuovo, lo so; ma forse, se tornerete a Catullo dopo una vita, scoprirete davvero questa banalità per la prima volta, come è successo a me. Catullo ha detto già tanto, forse tutto, sull’amore, l’amicizia, e il dolore. E quello che manca non ha potuto dirlo solo perché quella notte che est perpetua una dormienda, per lui è arrivata troppo presto, negandogli le esperienze della maturità e della vecchiezza. Ma in fondo, si dice, i poeti (come i matematici) non possono sopravvivere alla giovinezza, se non a costo di cambiare mestiere.
I carmi di Catullo sono come i vecchi codici di integrazione numerica in FORTRAN: un paradigma che si ripete in ogni linguaggio, mai più universale però come la prima volta. Scritti una volta per tutte, destinati ad essere copiati per sempre: in Python, Matlab, Julia, Octave, R, e tutti i compilatori che verranno.
Qui propongo la traduzione di due carmi, tra i più famosi (come se ce ne fosse bisogno): il carme CI l’ho reso in endecasillabi, il carme VIII con versi composti, forzati dalle interrogative finali, che non sembrano ammettere una riduzione. Una traduzione è sempre opera del traduttore, non sarà mai fedele: la speranza di rendere i suoni, le allitterazioni, e il ritmo è talmente vana da essere folle. E poi la grafia, anche quella forse conta: le V con la loro simmetrica decisione, le P al vento, le morbide B. Tutto significa qualcosa e non tutto è traducibile. Catullo poi sembra davvero non avere bisogno di essere attualizzato: è un uomo come noi. Per cui questo è soprattutto un invito a rileggere l’originale.
Con la speranza, nel tempo, di aggiungere altre traduzioni, anche di altri autori.
(Foto: affresco della Villa dei Misteri, Pompei, prima del 23 d.C.)
Catulli veronensis carmina, CI (3 agosto 2022)
Per distese di acque e di genti
giungo qui al tuo mesto funerale
per onorarti con l'ultimo dono
e parlare alla cenere muta,
fratello che la sorte mi ha tolto,
strappato, ahimè, così crudelmente.
Accetta doni funebri almeno,
secondo la tradizione dei padri,
li ho bagnati del pianto fraterno.
Ti saluto, ora e per sempre, addio.
I versi 2 e 3 sono qui tradotti assumendo l'ordine: advenio ad has miseras inferias ut donarem... Tuttavia, come suggerisce la traduzione di Quasimodo ("eccomi, con queste povere offerte agli dèi sotterranei"), si può supporre forse anche: advenio ad inferias ut donarem has miseras... La prima traduzione richiede l'anticipazione rispetto alla preposizione ad degli attributi di inferias, prolessi che per altro è in armonia con quelle del primo verso (verso celebre, richiamato da Foscolo nel sonetto dedicato al fratello Giovanni, dove troviamo anche l'eco del colloquio con il cenere muto). Può darsi che Catullo abbia voluto sovrapporre due significati, amplificando il testo, sfruttando la potenziale ambiguità della lingua, come nel sibillino ibis redibis non morieris in bello, dove una virgola fa la differenza fra la vita e la morte: senza la virgola si sovrappongono due stati opposti, come nell'esperimento del gatto di Schrödinger. I funerali sono miseri in quanto tristi e i doni funebri sono miseri poiché poca cosa rispetto a una vita. Entrambe le interpretazioni sembrano funzionare, ma volessimo renderle in italiano, dovremmo aggiungere un aggettivo. Questo è uno degli esempi in cui la traduzione tradisce. Bisogna dire però che la regola vorrebbe il caso neutro per gli aggettivi sostantivati riferiti a cose (ma si declina al femminile se res non è sottinteso), mentre qui abbiamo l'accusativo femminile. Per cui resta il sospetto che la traduzione di Quasimodo sia sbagliata, a meno che non si faccia un ragionamento più articolato e non letterale, ovvero a meno che non si dica che essendo i funerali (inferias) miseri (miseras) ne segue che anche i doni funebri (che sono parte dei funerali) siano miseri.
Per il testo originale e la lettura metrica si veda qui.
Catulli veronensis carmina, VIII (luglio 2022)
Povero Catullo, dalla follia desisti, e ora accetta che ciò che è perduto è perso. Giorni luminosi brillarono un tempo, quando ti affannavi dietro i capricci dell'amata come amata nessuna mai, si consumavano gli infiniti giochi d'amore che bramavi e lei non negava. Davvero brillarono giorni luminosi. Ma lei ora non vuole più e tu fa' altrettanto, non rincorrerla, affràncati dalla miseria, ma sopporta con animo ostinato, resisti. Addio, ragazza, ti resisterà Catullo, non ti cercherà più, non ti vorrà se non vuoi: ma soffrirai quando non sarai più voluta. Maledetta! Dove ti porta ora la vita? Chi verrà ora a trovarti? Per chi sarai bella? Chi amerai ora? Di chi sarai per il mondo? Chi bacerai? A chi morderai le labbra? Ma tu Catullo ostinatamente persisti.
Il verso 5 (amata nobis quam amabitur nulla) lo si ritrova quasi identico nel carme XXXVII, verso 12 (amata tantum quam amabitur nulla). Eppure tanto il carme VIII scorre su una nota di delicata sensibilità, quanto il 37 esprime una violenta, sconcertante, volgarità (si veda qui per una traduzione del XXXVII).
Per il testo originale e la lettura metrica si veda qui.
Catulli veronensis carmina, I (agosto 2022)
A chi dedico il nuovo libello, gioiello emendato d'ogni difetto? A te che eri solito, Cornelio, lodare queste mie cose da nulla, da quando solo sulla Penisola di tutto il Tempo ti cimentavi in tre volumi ponderosi e dotti, per Giove, a raccontare ricordi. Accetta pertanto questo libello, per ciò che vale e che sopravvivere, Signora fanciulla, possa per sempre.
Per il testo originale e la lettura metrica si veda qui.
I present here an analysis of the summary statistics elaborated by Neale’s Lab from the raw data released by the UK Biobank, a large-scale biomedical database that includes genetic data on 500,000 UK citizens. I filtered out variants with a minor allele frequency below 0.05, I included only variants that reached a p value below 5⋅10^−7 (even though only p < 5⋅10^−8 was considered for definitive associations), and I filtered out variants with a p value for the Hardy-Weinberg equilibrium below 10^−6.
Females with self-reported Chronic Fatigue Syndrome are associated with a region of chromosome 13 with high linkage disequilibrium, from position 41353297 to 41404706 (on h19) that includes gene SLC25A15. After applying statistical methods of fine-mapping (approximation of the joint model and posterior inclusion probability, PIP), I found rs11147812 (13:41404706:T:C) as the possible causal variant within this region. This same variant is associated with the whole sample of patients (males + females) at 5⋅10^−8 < p < 5⋅10^−7. The relaxed cutoff for statistical significance of 5⋅10^−7 has been recently proposed as a way to increase the rate of true positives without a substantial increase in false positive associations, in studies with a sample of 130,000. Patients presented a reduced frequency of the alternative allele at position 13:41404706, and this is expected to reduce the expression of SLC25A15 in adipose tissue and other tissues. Gene SLC25A15 encodes mitochondrial ornithine transporter I which is involved in the transport of ornithine inside mitochondria.
Males with chronic asthenia not otherwise specified (ICD10: R53) showed an association with a region in high LD of chromosome 18 (18:55452281 to 18:55460845). The only variant from this region with p < 5⋅10^−8 is rs62092652 (18:55454761:G:A) and it is confirmed as the causal variant in this region by PIP calculation. The alternative allele at this position is associated with a reduced expression of gene ATP8B1 in the brain. Since the alternative allele is more frequent in patients than in controls (frequency of 0.3501 and 0.2422, respectively), we may expect to find a reduced expression of ATP8B1 in the brain of patients. ATP8B1 encodes a member of the P-type cation transport ATPase family, which transport phosphatidylserine and phosphatidylethanolamine from one side of a bilayer to another. These two molecules are both phospholipids found in biological membranes.
Genetic data from the UK Biobank were also used to test previously proposed associations between ME/CFS and variants on TNF: none of the proposed associations was confirmed.
No overlap of the genetic signal from self-reported CFS and R53 was found with the psychiatric traits: bipolar II and depression.
This document also includes an introduction to some of the methods currently employed in the study of GWAS summary statistics.
I present here a comparison between the levels of tryptophan (Trp), kynurenine (Kyn), serotonin (Ser), Kyn/Trp, and Ser/Trp in cerebrospinal fluid of 44 ME/CFS patients vs 21 sedentary controls. Raw data were retrieved from (Baraniuk JN et al. 2021). Stratification by sex has been included in the analysis. No differences can be found between patients and controls.
Methods
Once downloaded the raw data of (Baraniuk JN et al. 2021), I searched for metabolites of tryptophan metabolism by using the keywords: try, kyn, ser, quinolinic, picolinic, anthranilic, xanthurenic, melatonin. I retrieved the data for tryptophan, kynurenine, and serotonin, and I used them to calculate the ratios kynurenine/tryptophan and serotonin/tryptophan, for each patient. I then organized the data in three csv files (see supplementary material), one including the whole sample, one including females only, and one with males only. For each of the five variables Trp, Kyn, Ser, Kyn/Trp, Ser/Trp a statistical test was performed by the R script displayed at the bottom of this page (supplementary material). For the sample including both sexes, I run both the Student’s t-test and the Wilcoxon test, while for the other two samples only the latter test was performed. I removed a female patient from the data because of her unusually high level of serotonin (0.202), but this does not change the conclusion of this analysis.
ME/CFS (44)
Sedentary control (21)
t-test p value
Wilcoxon p value
Trp
2.55 (0.652)
2.42 (0.688)
0.47
0.60
Kyn
0.0234 (0.0271)
0.0154 (0.0200)
0.24
0.27
Ser
0.0110 (0.00597)
0.00805 (0.00356)
0.041
0.028
Kyn/Trp
0.00936 (0.0113)
0.00580 (0.00789)
0.200
0.27
Ser/Trp
0.00448 (0.00227)
0.00349 (0.00188)
0.087
0.037
Table 1. Comparison between the levels of tryptophan (Trp), kynurenine (Kyn), serotonin (Ser), Kyn/Trp, and Ser/Trp in cerebrospinal fluid of 44 ME/CFS patients and 21 controls. Both the two-tailed Student’s t-test and the Wilcoxon test were employed. No correction for multiple comparisons is applied. Levels are reported as: mean (standard deviation of the sample).
Results
Serotonin and Ser/Trp are significantly elevated in ME/CFS patients vs sedentary controls (p = 0.028 and 0.037, respectively), Table 1, Figure 1. But once we apply a correction for three independent variables, these differences are no more statistically significant. When we stratified by sex, none of the comparisons led to a statistically significant difference between patients and controls (Figure 2, Figure 3). The conclusion is that no difference can be found in the level of Trp, Kyn, Ser, Kyn/Trp, and Ser/Trp in cerebrospinal fluid of ME/CFS patients when compared to sedentary controls. One female patient presented a very elevated serotonin level (she was removed from the analysis), another female patient showed elevated kynurenine, one male with ME/CFS had elevated tryptophan, and another male patient showed elevated kynurenine. The larger number of patients compared to controls might explain the presence, in patients, of some extreme values of the parameters considered, when compared to controls.
Figure 1. Comparison between the levels of tryptophan (Trp), kynurenine (Kyn), serotonin (Ser), Kyn/Trp, and Ser/Trp in cerebrospinal fluid of 44 ME/CFS patients and 21 controls. For each variable, the median, the 1st, and the 3rd quartile are indicated. Figure 2. Comparison between the levels of tryptophan (Trp), kynurenine (Kyn), serotonin (Ser), Kyn/Trp, and Ser/Trp in cerebrospinal fluid of 35 female ME/CFS patients and 11 female controls. For each variable, the median, the 1st, and the 3rd quartile are indicated. For each comparison, the p value from the Wilcoxon test is displayed. Figure 3.Comparison between the levels of tryptophan (Trp), kynurenine (Kyn), serotonin (Ser), Kyn/Trp, and Ser/Trp in cerebrospinal fluid of 9 male ME/CFS patients and 10 male controls. For each variable, the median, the 1st, and the 3rd quartile are indicated. For each comparison, the p value from the Wilcoxon test is displayed.
Supplementary material
The following R script calculates Table 1 and plots Figures 1, 2, and 3. It reads the three csv files below (click to download), one with both sexes lumped together, one with males, and one with females, respectively.
# file name: tryptophan_wilcox_both_sexes
#
samples<-read.csv("Trp_met.csv", sep=";", header = TRUE) # we read the data
attach(samples) # this allows us to refer to the labels as variables
#
# we define the number of patients and controls
#
ncfs<-length(samples[Group=="cfs0",1])
nsc<-length(samples[Group=="sc0",1])
#
# we store the measures of each metabolite for patients
#
kyn_cfs<-Kyn[1:ncfs]
trp_cfs<-Trp[1:ncfs]
ser_cfs<-Ser[1:ncfs]
#
# we store the measures of each metabolite for controls
#
a<-ncfs+1
kyn_sc<-Kyn[a:length(Kyn)]
trp_sc<-Trp[a:length(Kyn)]
ser_sc<-Ser[a:length(Kyn)]
#
# we calculate the ratios kyn/trp and ser/trp for patients
#
kyn_trp_cfs<-kyn_cfs/trp_cfs
ser_trp_cfs<-ser_cfs/trp_cfs
#
# we calculate the ratios kyn/trp and ser/trp for controls
#
kyn_trp_sc<-kyn_sc/trp_sc
ser_trp_sc<-ser_sc/trp_sc
#
# we plot the data for each metabolite: box-plots with points
#
plot(factor(Group),Kyn,xlab="groups",ylab="Kynurenine")
points(factor(Group),Kyn,pch=21,bg="red")
plot(factor(Group),Trp,xlab="groups",ylab="Tryptophan")
points(factor(Group),Trp,pch=21,bg="red")
plot(factor(Group),Ser,xlab="groups",ylab="Serotonin")
points(factor(Group),Ser,pch=21,bg="red")
#
# we plot the data for the two ratios
#
plot(factor(Group),c(kyn_trp_cfs,kyn_trp_sc),xlab="groups",ylab="Kyn/Trp")
points(factor(Group),c(kyn_trp_cfs,kyn_trp_sc),pch=21,bg="red")
plot(factor(Group),c(ser_trp_cfs,ser_trp_sc),xlab="groups",ylab="Ser/Trp")
points(factor(Group),c(ser_trp_cfs,ser_trp_sc),pch=21,bg="red")
#
# we run the Wilcoxon test for each metabolite and ratio
#
wilcox.test(kyn_cfs,kyn_sc)
wilcox.test(trp_cfs,trp_sc)
wilcox.test(ser_cfs,ser_sc)
wilcox.test(kyn_trp_cfs,kyn_trp_sc)
wilcox.test(ser_trp_cfs,ser_trp_sc)
Le mie poesie, per lo più in ordine cronologico, dalla adolescenza a oggi. Forse due sono riuscite per metà. Ho trovato stupito degli endecasillabi, involontari come le espressioni del papà che ci sorprendono allo specchio, quando abbiamo la sua età. Ma per lo più la matrice è quella indicata da una delle poesie stesse, che dice:
prospera la poesia
su questa ambiguità affastella
più significati su un significante
togliendo le virgole
spezzando il discorso
il volo di una farfalla
che va da una parte
ma poi ci ripensa
Prima di partire (primavera 1995)
Caro ippocastano, oggi come sempre se gli occhi dai miei studi levo a te li volgo e penso.
Caro ippocastano, vero non è che uguali son tutte le piante perché io fra tante le fronde tue più care avrei riconosciute.
Caro ippocastano, oggi le tue foglie verdi e fresche sono e i tuoi germogli di primavera sanno ed esse sussurrano al vento, ma dimmi se non ricordi l’inverno!
Insieme l’uno all’altro accanto abbiamo pianto la morte, o forse ho pianto io perché tu composto l’hai provata, le foglie morte, la linfa secca e stagnante nel tuo tronco.
Ma tu sapevi che par morte ciò che è sonno perché quando a punzecchiare riprese cincia leggermente allora quest’anno come sempre i rami ho visto rinverdire.
Talora guardo alla finestra e noto compiaciuto il tuo risveglio, caro ippocastano dalle fresche fronde, ma tu sai come vanno le umane cose!
Assieme l’uno all’altro accanto abbiam vissuto, ma io non ho radici e a cambiar dimora son voluto.
Qualora giù dal basso sentirai una carezza piangi caro ippocastano perché io piangendo me ne vado.
La trattoria (primavera 1996)
Voci miste posate incrociate come campanelli bicchieri tintinnio che al brusio s’assomma musica al nascer si confonde e talora risa sguaiate e forti da esso emergono improvvise. Bottiglie disposte in file riflettono numerose luci dietro le vetrine.
Il cameriere rapido corre tra tovaglie bianche e bianchi tovaglioli salvietta sulle spalle sempre col sorriso.
Ma laggiù quell’uomo è sordo perso nel fondo smosso di un bicchiere.
Il gufo (11 giugno 1996, ore 15:38)
Il gufo volge teso i suoi languidi lumi. Bagliori penetrano le tenebre e nel bosco indietreggia la notte. Aspetta, raccolto nel folto col fiato sospeso. Ma si apre ormai l’occhio sulle valli incantate. Fruscio improvviso rompe per primo il silenzio. Il ramo, scosso, ondeggia.
Eco di pianto lontano. E’ solo il giorno che si rinnova.
Ricerca (1° ottobre 1996, ore 1:12)
Tra le coperte del letto avito nell'incerto lume del mattino o tra le ariose stanze della paterna casa; fra le ombre e gli echi del focolare o tra le gioie e i drammi del mercatino; nella folla scomposta o nelle notturne strade cittadine; fra le nostre valli silenziose e i venti discreti sulle romite vette; o tra le fulgide stelle delle notti d’estate io ti cercherò, papà.
O tra le pallide pietre del cimitero.
In auto (22 ottobre 1996)
Ruggiva riottoso il giorno morente e il mondo stupiva prima del buio. Iroso, i monti ammoniva e sperdeva nel cielo le pavide nubi. Ma già lo incalzavano lontano da oriente i fulgidi astri che spegnevano il fuoco.
Forte batteva il mio cuore rapida l'auto correva. E tu padre mio, che mi sorridevi e guardando lontano, dicevi: Andiamo verso il sole!
Ovunque ti avrei seguito, papà ma sei partito da solo.
L'uomo sulla montagna (autunno 1996)
C'è un uomo sulla montagna, fra l'erba rugiadosa striscia l'ultima notte e in fondo alle valli scivola.
C'è un uomo sulla montagna, nelle nubi basse, fra le valli, ascolta la terra madida, i dirupi assorti.
Ombra fra i vapori, miraggio del mattino. A volte vado a trovarlo, piangiamo insieme il nostro destino.
Spettro (1997)
Stendono gli ampi artigli
le tenebre predatrici.
Foschi monti osservano,
perversi incappucciati.
Affretto i miei passi,
paura mi assale,
terrore di non tornare.
Nubi maligne si insediano scaltre.
Allungo il passo, abbasso lo sguardo,
m'affanno a consumare il sentiero
che quasi scompare.
Alberi neri oscurano l'aria,
stendono i rami, mani insidiose.
Rumori alle spalle mi tormentano,
non oso voltarmi.
Sussurri tra i cedri,
sghignazzi fra i rovi,
da dietro veloce qualcuni m'insegue.
Accelero il passo, voglio fuggire.
Ma sgomento maggiore m'assale;
m'arresto, il petto tumulta,
un brivido forte mi scuote:
sospesa davanti un'ombra mi sta;
immobile, gobba, avvolta
in un nero sudario m'indaga.
Assorta mi sfida.
"Vegliardo o demonio che sia,
spettro maledetto, vattene via!"
Le gambe mi portano salvo oltre il colle,
intanto il corvo, sonnolento, scuote le ali
e in cerca di un più tranquillo ramo vola.
Ninna nanna (1997)
Dormi piccolo tesoro
che vien la notte dolce
dalle stelle d'oro,
(ma altrove ancora alto è il sole).
Dormi piccolo tesoro
che la mamma ti protegge
accarezzando i tuoi riccioli d'oro,
(ma la fame ghermisce altrove piccole prede).
Dormi piccolo tesoro
che il morbido guanciale il capo regge
e sogna del felice bambino d'oro,
(ma il gelo accarezza altrove deboli corpi).
Dormi piccolo tesoro,
alza il lembo sulle rosee guance,
chiudi gli occhi al dolce coro
che passa la morte
ed altrove le sue mani cala.
Anime (15 gennaio 1999)
Il sole taglia lo sguardo
liquida sfera,
il pozzo si stringe sorpreso.
Fluttering,
si danno e no
le remiganti al barbaglio,
è solo un attimo.
Il picco schernito?
Quello è il ricordo
anche per noi.
Vedi?
Non stanno sospese
a guardarci.
Caprioletto curioso (inverno 1999)
Caprioletto curioso tormento delle rupi vecchi induriti degli anfratti scontrosi.
Ombra soffusa, verde cupo. In vivide macchie la luce indaga i tessuti di una foglia novella, nel ronzare di un'ape si sfrangia, lampeggia un istante nella liquidità dell'iride.
Ora ti vedo sereno al lavoro, papà tu grande io piccolo, al cospetto. "Mamma mi ha chiesto il timo!" Meditato il rimprovero in una smorfia si scioglie, in un sorriso.
Ti stendo Paoletto tra le piume di quei giorni. Esterrefatto, lancinante vi bacio nel sogno voi tre.
Quadro del bisnonno Pietro (inverno 2000)
Riflessi sul fondo di uno specchio d'acqua o flusso sotterraneo di sangue quel morbidissimo panneggio annebbiato dal lutto.
Tante dita sottili gettate affrante su quel capo i capelli.
Testimonia indiscutibilmente una esistenza quel volto.
Malattia (aprile 2003)
Guardando il soffitto stillano lente le ore, come l’ultimo sangue di una gola recisa.
Respingo e accarezzo le lusinghe continue di una penna lucente, un coltello.
Sfogo a volte per strada di notte l’angoscia immobile del giorno.
Interrogo la sera i lampioni. Carezzandomi con pallida luce mesti mi dicono ‘non guarirai’.
Con un lumicino di speranza sempre disattesa sopporto la vita tra una visita e l’altra.
Invano il male esorcizzo con formule arcane, i nomi misteriosi delle medicine.
Sfoglio i giorni a centinaia, come pagine insignificanti di un’agenda senza memorie.
Convalescenza (aprile 2003)
Malati e inconsistenti tepori poi inverno di nuovo per giorni. Ogni anno una lotta in sordina.
Così la salute per me. Solo tardi ho voluto capire che un succo dolcissimo mi era concesso.
Le lucertole mi insegnano ora. Quelle vecchie che conoscono il gioco e quelle novelle sbocciate l’estate.
Da campi nascosti bevo avido il primo sole, sulle rocce mi riposo placido e stanco come un anziano. Incredulo ammiro i colori del mondo ritrovato.
Alberi (4 novembre 2004)
Quanti autunni sono venuti con il loro fresco tonificante a darmi sollievo? Cosa resta dei cieli d'autunno, dello scricchiolare sotto i piedi delle lacrime brune dei platani? Degli acquazzoni che gridano che l'estate è finita, del tempo vissuto con i miei genitori cosa mi resta?
Conservo forse le parole di mio padre quando lo seguivo, lupetto curioso, nel buio sottobosco della villa? Un istante vivo di quei giorni non mi rimane.
Ho scoperto cosa c’è negli alberi che ci affascina. Loro sono i nostri morti che quietano i cuori con il coro delle voci dei mille rami dei mille anni della nuova vita nutrita dalle vite dei mille padri, delle madri, dei mille figli e sposi per i cuori smarriti che stillano lacrime per le cose che ogni giorno ci scorrono fra le dita.
L'uomo di neanderthal (4 dicembre 2004)
Forte, buono ora anche bello il neandertaliano per i paleoantropologi.
Scienziati canuti invecchiati in un museo a fissare le orbite vuote degli antenati ritrovano pallide luci dell’adolescenza sogni di esplorazioni e di scoperte.
Emerge un ricordo tenero il padre che da tanti anni non rientra più a casa dopo il lavoro e sono di nuovo bambini.
Come fare a parlare dell’uomo che più hanno amato dell’uomo migliore del mondo senza piangere senza dare sospetti?
Caro neandertaliano hai conquistato le terre fredde della mia mente. Sei il pensiero più bello e pulito che abbia mai avuto.
La mamma (20 aprile 2005, ore 22:15)
Un volto più caro più noto del tuo c’è stato mai? Occhi più dolci corpo più caldo braccia più forti per stringermi le ho mai conosciute?
Sciogliere nell’acqua i colori del tuo viso come il pigmento come ho potuto? Dimenticarti per sempre scomporre i tuoi lineamenti confonderli come nei puzzle di quando ero piccino perché?
Ti ho fatto morire anche nel ricordo per non dover soffrire.
Viaggio impossibile (2006)
Contro le correnti del Tempo maestose severe mi scuotono ma cedono gli eoni
paurosamente incombono i divieti infrangibili a stento schivo i no imperiosi lambendo con un brivido le vallate sospese delle paure congenite risalgo con sforzo le Leggi trepidante mi godo il silenzio attonito
forse sarò il primo schianterò tra un battito e l’altro il divieto ineluttabile scivolerò oltre su una sospesa vertigine
e ti rivedrò.
Paleoantropologo (19 maggio 2007)
Una vita invecchiata dietro le ossa a far combaciare frammenti di volti sottratti alla pietra che ne chiuse le gole quando era terra
comporre e scomporre con dita veloci di giovane uomo misurare e descrivere con la sicurezza dell’uomo maturo lasciando infinite stagioni oltre la finestra dietro le spalle
per ritrovare poi vivo solo alla fine nel riflesso di un vetro il viso tanto cercato
quello del padre che da una sera di tanti anni prima non rientra più a casa dopo il lavoro.
Genesi 3,14 (17 dicembre 2009)
Eva amata candida figlia e tu Adamo dolce speranza ascoltate
nel tempo prima dei tempi prima che foste anche solo pensiero quando tutto abitava in me solo prima di Eden e degli altri infiniti giardini che vi ho riservato oltre la cortina cangiante del cielo prima di tutto volli svelare della gioia il volto segreto non per me ma per dare alla luce creature che mi fossero grate di respirare
trarle dal Nulla non posso pensavo se poi non sapessi farle felici
tenere fronti dolci capi il vostro intelletto l’anima vostra può prosperare oppure appassire e languire a voi sta stimolarli io vi spiegherò come
sapete dirmi perché gli uccelli sanno librarsi mentre le stelle cadono giù? Eva coraggio! Adamo dimmelo tu non lo sapete lo so ho voluto così dovrete scoprire ogni cosa e nel farlo la mente incerta si accrescerà con fatica senz'altro ma con somma soddisfazione avrete il potere ma lo dovrete strappare perché ho previsto una legge per ogni cosa le ho scritte in filo d’argento e poi le ho nascoste perché le cerchiate
il potere strappato camminando sul ventre mangiando la polvere ogni giorno è l’unico di cui si possa godere questo è il segreto di una vita felice
ma attenti! non dovrete mai languire! il sonno vi trovi operosi poiché nel morire da vivi non c’è nulla di male piccoli miei l’unica sventura che in questo mio mondo dovrete evitare è che viviate da morti.
Nessun messaggio nuovo (2009)
Trecento milligrammi quattrocento, o niente. Polvere fine in capsule d’ostia o gocce benedette di fiale ambrate. Mi affido al pantheon della farmacopea: Risperidone padre celeste Sertralina sua sposa Trazodone dio dei mari…
Assidua presenza l’ostinazione del cellulare e del computer senza nessun messaggio nuovo. E la speranza frustrata di mordere i soccorritori come un animale ferito.
Le tracce non ritrovo in questa stanza della guerra tra la rabbia e l’impotenza. Il cranio ne è il teatro mille e quattrocento grammi di cervello sfibrato le rovine.
Tutto quello che rimane adesso è il desiderio di rivivere un giorno da essere umano. Come quando da bambino ogni giorno era una vita intera.
Oggi (13 ottobre 2010)
Generazioni nascono e muoiono e a restare di noi sono solo atomi di azoto e carbonio dispersi nei sussurri anonimi delle piante e del vento nel gorgoglio delle acque le voci di miliardi di anime senza memoria.
Il passato fluisce in un pozzo che non c’è il futuro non ci appartiene e per morire ce ne vuole di pazienza più di quanta se ne abbia avuta mai per vivere e di denti da stringere per chi resta.
E allora dillo adesso che gli vuoi bene e non risparmiare le forze: la vita non può essere un’abitudine perché oggi è tutta la nostra vita.
Oggi
Senza vagiti (2 novembre 2010)
Quello che ho trovato oltre la porta non eri più tu tu non eri già più familiare e completamente alieno
dimentico ogni volta ma busso e aspetto davanti a quella porta sono morto e sono nato allucinato attonito un neonato già adulto senza vagiti
ma dove sono? nella mia città? e dove altro
adesso sono veramente solo con la tua giacca di fronte all’Inverno.
Sindone (14 novembre 2010)
Quanta sofferenza il flagello e le percosse e quanto è dura a morire sulla croce
questo ti hanno fatto gli uomini ma in fondo te la sei cavata con poco in poche ore te la sei cavata
noi uomini non siamo così fortunati malattie bizzarre e crudeli giovani menti perdute nella psicosi e bambini sepolti dai capricci della terra
questo ci fanno le divinità e mille stigmate sono solo dei graffi qualche miracolo un’ingiustizia
non è che una goccia la tua sofferenza una voce in miliardi di grida.
Lacrime (7 dicembre 2010)
Tra le circonvoluzioni di quel velluto morbido che diciamo tuttavia corteccia il tessuto deve aver ceduto
o più giù nella trama impossibile di dendriti che ci piace chiamare cuore di rami e di radici come frattali qualcosa si è spezzato
Forse nel nucleo antico il tronco encefalico deve essersi incrinato
perché dalle sorgenti nascoste non nascono più le lacrime.
Sepolcri imbiancati (7 dicembre 2010)
È caduto l’ultimo velo e fisso attonito il vuoto oltre l’ostinata finzione delle chiacchiere sul tempo e la partita il nuovo romanzo di cui non si vede il bisogno i pettegolezzi e le mode i vuoti rituali dei sacerdoti tutto quello che fate per non vedere la futilità degli scopi la fragilità della vita
i giocattoli degli adulti sepolcri imbiancati le auto e le case gli indumenti più scomodi che utili e l’affanno per le cose da sfoggiare per i piaceri di cui non abbiamo bisogno
tutto per scordare ciò che già sapevamo perché hanno ragione i bambini e anche io ho di nuovo paura del buio.
Sepolcri imbiancati
Tempo (8 dicembre 2010)
Si ferma il tempo per tutto il tempo che vorrò sono solo un bisbiglio tutte le voci del mondo e il mondo non corre più sul suo filo di seta
una biglia colorata su una pista di giganti ma anche una macina grave sul suo asse che macina i giorni oltre i millenni per millenni migliaia di vite a ogni giro da sempre e per sempre perché?
si ferma il roteare delle stelle per tutto il tempo che vorrò sono solo sulla strada che non ritrovo casa con il moto della terra e del sole e della nostra galassia non siamo più nelle regioni dove siamo nati per il roteare delle stelle rispetto a cosa?
pensiamo di restare fermi sotto una quercia e non è vero schizziamo nel nulla senza sentirlo perché il moto è inerziale e questo ci inganna
si ferma il tempo in questa stanza siamo soli per tutto il tempo che vorrai il giorno e la notte uguali con il respiro sospeso la neve non si scioglie al sole.
Tempo
Primati (9 dicembre 2010)
Lo volete sapere? siete primati con l’abitudine curiosa di indossare vestiti sì! di scimmiottare gli dèi fatti come voi da voi perché fosse più facile già! quel vegliardo che è in ogni cultura e quell’Apollo di trent’anni al quale cambiate sempre il nome e la mamma che ancora vi allatta
ma poi perché li invocate quando vi ammazzate a vicenda? con il metallo la combustione o i giocattoli atomici che vi sembrano chissà cosa simboli fallici di maschi aggressivi più dei gorilla che fanno un gran chiasso ma sono buoni
non vi vedete? camuffati col doppio petto e lo smartphone ma con le scarpe di pelle ancora le pelli indossate delle vostre prede travestiti da dèi vi distinguete da chi? dai primati? non credo
sapete cosa? Dio è il maschio alfa e lo venerate lì siete rimasti e se qualcuno lo nota gli fate il grugno.
Primati
Disegni (15 dicembre 2010)
Una notte si fermerà la sveglia e per me sarà finita una foglia vive solo un’estate e nessuno la ricorda nel lavorio dei batteri divide con la neve la stessa sorte
e allora verso le lacrime in una bottiglia e tutti i battiti del cuore li affido al mare i miei quattro disegni senza valore
è come una magia la luce dello scanner e in lampo sono cifre i miei pensieri uno e zero la solitudine e il nulla bit il canto di una cincia fra olmi e faggi di nessuno nel bosco che valica gli eoni
e se fra mille orbite o mille volte mille dei cicli che ci sopravvivono da sempre un archeologo saprà ricomporre una sola sequenza di numeri binari allora tra le pagine di un libro una foglia si sarà salvata.
Disegni
Lascaux (16 dicembre 2010)
Lo immagino su una roccia seduto con il mento in un palmo per cento e più dei secoli della nostra storia
immagino che si sia commosso il Tempo per una volta nelle stanze intime della terra ha fermato i giorni a quel giorno che l’ultimo dei pittori lasciò un disegno e portò via i suoi colori
sono ancora lì i cervi megaceri non si sono estinti i mammut in quelle grotte un fiume perduto si è conservato ecco, lo guada un gruppo di renne per sempre e l’altra sponda non arriva mai
immaginate che mi sia commosso seduto con il mento in un palmo sulla riva di quel fiume il mondo non si è perduto
la terra ha chiuso da tempo gli occhi di quegli uomini ed è diventata pietra eppure ho visto l’ultimo dei pittori guardare il suo lavoro seduto con il mento in un palmo è ancora lì e diecimila anni fa non ha portato via i suoi colori.
Lascaux
Autunno (25 dicembre 2010)
Avevo vent’anni sulla cima di quella parabola un acrobata incosciente come quando da bambino seguivo nostro padre in cantiere troppo felice per guardare in basso così veloce il pensiero da non poter stare fermo troppo bello il cielo d’Autunno per rinunciare a toccarlo tardi per non cadere
avevo vent’anni e ne ho avuti cento precipitare è così facile è così bello lontano dal cielo un angelo triste mi ha vegliato senza parole senza apparire nella selva di Dante c’ero davvero tra le conifere immobile in attesa che indietreggiasse la notte hai fatto più tu di tanti abbracci di carta hai detto di più di tanti saggi a noleggio
essere non apparire hai lasciato su un faggio perché lo trovassi quando non ho trovato che un corpo quando fosti sicuro che avessi ritrovato me stesso
tardi per volerti bene poco due versi per la tua vita troppi danni per riparare troppo grave da concepire fuori da questa selva abusata ogni stella sarà appannata per sempre.
Libri (9 gennaio 2011)
Chiusi come le donne dei soldati aspettano monoliti austeri lontani come i ritratti degli antenati mi osservano da anni esercito di statue foglie di vecchi sogni dispersi sui tavoli corpi di un’antica battaglia quando tutto sembrava possibile con il potere dei libri bastava volere governano il mondo le equazioni differenziali
volavano le pagine al vento dei vent’anni la notte solo una candela e l’immobilità d’un geco e posso dire senz’altro di aver vissuto per sempre al vento dei vent’anni disperderei i miei trenta per un altro giorno per sempre
aspettano come la donna del soldato un crociato che non torna e Penelope forse questa volta ha chiuso l’ultimo nodo
per favore cercate un geco e una candela un ragazzo bizzarro sotto un cappuccio un piumino troppo corto guardate la manica destra se è rammendata ditegli che ancora lo aspetto da anni non ho chiuso l’ultimo nodo.
Mattino (13 gennaio 2011)
come una minaccia l’anima diafana che preme da fuori in attesa di qualcosa che non voglio
all’afelio di una lontanissima orbita prima mi scopro in una stanza ora emergono i libri affiancati sulle mensole statue marziali di qualche antico ordine di cavalieri severi maestri infallibili e disumani montagne senza vetta
il mattino convalescente cerca i colori della salute chiede di essere vissuto chiudo gli occhi e mi rannicchio c’è ancora tempo non si incarna il giorno è ancora solo un presagio
Unità di misura (09 gennaio 2011)
Prima della sveglia quando la veglia incalza gli ultimi sogni e la memoria li rifiuta questa mattina si fa avanti una nube confusa delle voci che ricordano qualcosa visi famigliari che ho visto ma dove?
il popolo delle unità di misura moltitudine incerta di profughi dispersi
il joule e l’erg si guardavano affranti indecisi se abbracciarsi o no incapaci di ricordare il rapporto che li legava il loro coefficiente di conversione
invano il tesla cercava di afferrare il secondo che schizzava sconvolto mentre il volt teneva stretto l’ohm che offriva resistenza con tutte le forze
e se il cavallo vapore provava disperatamente a disarcionare il watt il corpulento chilogrammo peso subiva in silenzio l’aggressione verbale del newton e la dina
ho visto poi il bar e il pascal vagare disperati sulle tracce del torricelli e la mole arrancare dietro la nazione vociante delle costanti fisiche numeri senza nome e senza misura popolo di terremotati che cerca le proprie case dopo il cataclisma.
Sarà capitato anche a voi di cercare le mattine di pioggia in aula nella memoria quante giornate le illustrazioni dei libri di storia le penne a sfera e i raccoglitori ad anelli i compiti in classe quanti temi e quanti esercizi più importanti del resto del mondo tutto il mondo allora quanto poco adesso.
Punto e virgola (11 gennaio 2011)
ibis redibis non morieris in bello
una virgola è tutto la differenza fra vita e morte condanna o speranza basta un segno a cancellare i sogni ma se il destino è in versi ciascuno legge il futuro che vuole
prospera la poesia su questa ambiguità affastella più significati su un significante togliendo le virgole spezzando il discorso il volo di una farfalla che va da una parte ma poi ci ripensa traccia più direzioni e le lascia lì ognuno raccoglie quella che vuole.
Infanzia (1 aprile 2011)
Ricordo i miei amici come erano allora i bambini che sono stati quando restammo sulla soglia dell’adolescenza con il viso rivolto indietro segnato dalla terra e dal sole
giornate di caccia alle rane boccate di vento in bicicletta sgridate per il ritardo alla cena per le scarpe rovinate pedalate memorabili camere d’aria bucate graffi e ginocchia sbucciate micetti e ciotoline di latte
viaggi epici ai confini del mondo assaggio precoce di libertà a un passo da casa inebriati e spaventati scoprimmo l’abisso di un mondo più vasto lontano da mamma e papà
mi rivedo perso con loro tra colonne di pioppi sotto le volte dell’albero che si dice del sole tirato dai rovi marcato dal succo acre delle graminacee ferite eccoci persi in un passo favoloso cimitero di megaliti assorti pelle di muschio e rughe cadenti fondali induriti di un mare scomparso in sudari tessuti con un popolo morto di simbionti le infinite anime calcaree dei bivalvi molluschi addormentati dai vagiti del mondo
naufragammo in un mare d’erba che arriva alla vita sulla schiena ripida di un monte grandioso regno dei venti mi chiamano ma turbina l’aria e non li sento in una distesa pettinata dal vento si sono disperse le nostre vite.
Agenda (20 luglio 2011)
Nascosto come un topo rannicchiato tra vestiti sparsi libri resti dei tentativi di evasione dal vuoto che ovunque tu vada ti rimette al centro che razza di gioco
la spada non serve la forza il nemico è oltre lo specchio dietro quegli occhi cerchiati ci sei tu l’impegno e la volontà non valgono più le regole sono diverse qui si cerca il tesoro la formula magici infiniti da ripetere all’infinito provare aggiungere togliere cambiare combinare sperare disperare
si ferma il tempo sulla strada sei una lancetta indecisa apri il fiume di gente che si richiude e non ti vede un giocattolo di latta non può ricaricarsi da solo
si ferma il tempo in questa stanza resti solo resta una penna esaurita sulle pagine di un’agenda senza memorie.
Agenda
Mente (13 settembre 2011)
Tre compresse al giorno e ci vediamo tra un mese
di mese in mese e negli anni dimenticasti com’era a ritrovarla senza di lei non ce l’hai fatta a rianimarla con la tecnologia ne hai confuso le orme
per gli altipiani di fossili in Etiopia e tra le formule dietro al futuro si perse tra le pagine a settembre a vent’anni gli unici giorni che tu mai abbia vissuto all’inizio di un libro chiuso da allora
la luce non viene più dell’alba dalle imposte o lo scroscio dei temporali lo stesso giorno da anni deteriorando ti dicono
ma ti avessero detto che si perde come i sogni al mattino oltre lo specchio mille volte la rivolevi com’era splendente a vent’anni dopo un brutto sogno la tua mente per sempre.
Oscillazioni
Schianto di specchi in costellazioni disperse di carapaci di vetro di blatte sorprese dalla luce alla fuga il pensiero
oppure ombra mefitica d’un sauropode stanco nella camera chiusa da mesi.
Oscillazioni
Clinica (18 novembre 2011)
Ti trovo meglio
ogni volta voglio crederci che io non me ne accorga ancora il richiamo del carrello dei farmaci e tutti in corridoio ammaestrati rassegnati con i palmi a scodella condomini muti ci guardiamo a vicenda diffidenza convivenza forzata
reparto chiuso in attesa richiamo delle chiavi e della porta a vetri tutti fuori nel giardino in gabbia la macchinetta del caffè un rituale che non stanca è il sangue di un dio pagano l’eucaristia che rassicura acqua e sapore di quotidiano nero però succo degli incubi di tutti noi di chi non uscirà mai di chi non uscirà più se stesso diverso qui qualcosa si è rotto.
Ulisse (18 febbraio 2011)
Si squarcerà lo Spazio resterà a guardare il Tempo in un angolo coprirà il grido con il sudario muto fra i grugniti dei Proci come topi sorpresi dalla luce fuoco negli occhi la rabbia di anni umiliata con le catene fruste adesso vortice chiuso in una stanza troppo a lungo perché un animale non diventassi alla fine per sopravvivere così un uomo non si può essere questo non è un uomo.
Getterò il mantello l’ombra delle strade notturne mimetismo dei fantasmi perduti quanti siamo quanto soli
A terra gli stracci onda d’urto mi riconoscerete con un brivido e sarà tardi.
Troppi anni in gabbia a leccare le ferite troppo a lungo da dimenticare di essere un uomo avete dimenticato che lo fossi quello che fui lo avete gettato nella torba in un giorno e dalla torba il turbine terribile represso sarà una tempesta
Un giorno ma non ora lecco ancora le ferite le catene di ferro sono maledette ancora cerco invano la mattina la chioma di Sansone tra i capelli che cadono scandendo gli anni.
Spazzatura
Affacciato sul mondo disperato del cassone nel pattume ho rivisto i pazienti di una clinica senza dimissioni popolo perduto lasciato a invecchiare in un giardino
pannolini lordi amorevoli balie mante albine hanno donato il candore per finire così in pasto al termovalorizzatore tutto il loro contributo ora è il calore di una combustione veloce
un paio di scarpe malinconiche usurate e stanche vecchi tonni spiaggiati aspettano senza proteste il prossimo carico nella massa mefitica banchetto osceno dei batteri saprofagi
e questa bicicletta inghiottita ha chiesto che provassi a salvarla le risparmiassi la sofferenza gratuita di anni di discarica non si augura a nessuno
un paio di pedali nuovi per ricominciare una spugna per detergere i brutti sogni e tutti i peccati sono rimessi adesso non c’è altro da scontare lubrificante ai cuscinetti perché la vita non sia più solo una salita nessuno merita di morire da solo.
Luce (dicembre 2011)
Che mondo è? E che devo fare?
Un atleta consuma da solo il fabbisogno quotidiano di cibo di un gruppo di Masai.
Un’auto brucia sull’asfalto in poche curve tanta energia quanta un bue sui campi ne spende in una vita di lavoro.
E un flacone di crema di quella per le rughe costa come una campagna di vaccinazione per un villaggio remoto dell’India.
Accendo la televisione e non ne posso più di oggetti che non servono di presentatori ruffiani di showgirl che stringi stringi praticano sempre la stessa arte in quel mondo di cartone che non è la poesia ma si chiamano artiste e di muscoli esibiti nutriti con chili e chili di carne sciupata
di telegiornali sui pettegolezzi di servizi sui parrucchieri dei gatti di applausi come temporali per scemenze nei talk-show e uguali ai funerali di shampoo antiforfora e detergenti così forti da uccidere tutti i germi senz’altro ma insieme a un intero ecosistema
di confezioni di antidepressivi il cui prezzo fa arrossire se dei bambini non hanno nemmeno il latte in popolazioni che sono alla rovina con il sorriso sulla bocca
di conti esorbitanti dal dentista per riparare i danni di un’alimentazione abnorme spendiamo più di quanto abbiano tanti per un’alimentazione che sia almeno sufficiente.
Facciamo studiare i giovani oltre i vent’anni quando un abbecedario è un lusso per i bambini col fucile sulla spalla.
Uno blu e uno verde io non li butto e con questi due accendini proviamoci a illuminare tutta la vita che ci rimane.
Sono un ambulante che ha incontrato questa sera un ambulante che mi ha regalato una cosa che io ora vi passo.
Luce
Palestra (23 febbraio 2011)
È sempre buio all’inizio si comincia sempre da zero si ricomincia cerco l’interruttore aspetto il ritardo e l’incertezza dei tubi al neon
la luce non basta dormono ancora enormi ragni cromati le macchine catalogati per massa i dischi neri sogni di ferro e carbonio manubri e bilancieri
sonno pesante di ghisa silenzio di sfida si comincia fisso il peso aggiungo pesi che tintinnano come bicchieri di cristallo sfiancano come sogni di piombo
espiro e tiro con tutta la rabbia inspiro e mollo piano però, non è una sconfitta e comincia il ballo del ferro duello con la carne è più forte la volontà sotto l’acciaio non soccombe
soli in due io e quel tale oltre lo specchio l’illusione di sollevare ogni problema di ricominciare da zero
è sempre buio all’inizio si è sempre soli.
Stelle
Perché vivi male? Perché mi vergogno E di cosa? Di aver vissuto male
Allora apri la finestra e ricomincia perché una vita si riscatta anche l’ultimo giorno e non rassegnarti il grigio non è una fatalità
sii più grande del muro più grande della vita stessa le stelle non sono solo da contare e se impegni la tua vita ottieni l’oro delle stelle
non guardarti attorno perché si gode il viaggio quando per goderlo non si ha il tempo avrai tempo per riposare tutto il Tempo quella notte che non metterai la sveglia
i tuoi occhi non dare per scontati la lucidità e le gambe perché tanti non sono così ricchi e darebbero la vita che resta per un giorno ti giuro di quelli che hai sciupato e l’ultimo giorno non è tardi se la mano trattiene ancora le stelle c’è tutto il tempo
è vero siamo solo uomini non siamo titani né dèi ma dei giganti siamo proprio per questo e se fallisci hai vinto comunque perché hai fallito se non hai tentato e forse la salita già per se stessa è la meta.
Ricordati che se il desiderio è sincero Dio mi disse un aviatore ci fa desiderare solo ciò che possiamo avere.
Stelle
Tram (9 gennaio 2011)
acquario utero d’acciaio una mamma gravida cuore di magnete sangue di elettroni ape regina di larve nidiata numerosa di monadi mute
rimugino mastico le parole con la fronte sul vetro non può essere così tutto qui non può essere
cervice del ventre d’acciaio pistoni idraulici la dilatano senza delicatezza finisco fuori dove vanno tutti quanti? fermo sulla soglia della quotidianità rimugino mastico l’infinito nascere non è mai stato facile
La guerra di Lyme (15 aprile 2016)
Non è mai stata Così piccola La balena bianca Balugina In un mare tutto interno.
Sulle rive dell'Ellesponto Serpeggiano gli Achei Spirochete Come pensieri insidiosi Ha trovato l'inganno Perfetto Ulisse Le cellule dendritiche Sono il mio cavallo di legno.
La barriera ematoencefalica La Normandia.
Melville, Omero, F. Jacob Le battaglie importanti La storia le affida ai poeti.
Candida e nera1.0 (15 aprile 2016)
Mi ricordo di averti seguita un giorno
Nel cuore del caldo
Dietro i bambini che si rincorrono
Ad Ur, i capelli neri e la figura snella
Sul baluginare dei muri imbiancati
Quattromila anni fa come ora
Indaffarata in qualcosa sovrappensiero
Ti infilavi in un uscio.
Ero lì, tra i buoi candidi
Che sfilavano pigri, divinità estinte
Di una Mesopotamia da migliaia di alluvioni
Sepolta.
E sono sicuro di averti vista
Nella tua auto, un pomeriggio di pioggia
Tante generazioni dopo di questa
In città, su un pianeta che non è il nostro
Intorno a una stella ancora senza nome
In un ramo della galassia.
Spigolosa e tenera, candida e nera
Il volto eterno della ragazza senza etnia
E senza epoca.
Gli zigomi larghi raccontano di popolazioni
Che inseguivano migrazioni epiche dall’Est
Di ungulati seminando
Commerci e guerre, altari e cimiteri.
La fronte ampia preserva secoli
Di civilizzazione, matematica e filosofia
Dei pascoli dell’Attica
Sotto il sole di Omero.
Sono arabi i capelli, hanno visto l’Africa del Nord
Gli occhi scuri ma luminosi
La caduta delle mura di Cartagine.
Sigilla storie anonime di amori vissuti
Tra papi e soldati, nei vicoli di città operose
O nelle campagne immobili del Medioevo
La bocca.
Un viso che racconta una storia
Quella dell’Uomo, le luci epiche e le tenebre
Di questa avventura favolosa
Candida e nera.
La retta e il punto1.0 (20 novembre 2018)
Avevi dieci anni in vacanza
con i tuoi tu di me non ti ricordi
ma ero lì in Egitto di passaggio
per gli altipiani di fossili, la terra
degli Afar.
Ti vidi e seppi di amare
la donna che saresti stata
e allora pregai la dea nera
i fianchi bruni che cullano
il mondo.
Siete separati da troppe stagioni
non si può – mi disse – la legge non vuole.
Avete solo una donna nella vita
dalla culla alla tomba di volto in volto
sono sempre io, dovresti saperlo.
La troverai con un’altra voce, dimentica
il suo nome.
Ma io pregai fino a farmi del male
la sedussi con l’arte che non pensavo
di avere e le strappai il patto terribile
che sarei stato una statua pur di poterti
amare. Tutto questo viaggio
immobile qui l’ho fatto solo
per te.
La dea ammonì che il tempo per me
non avrebbe ripreso e nel momento
in cui ti trovo ti perdo, resto indietro.
L’incontro dura l’intersezione
di una retta con un punto, tu devi andare
e io sorrido oltre il presagio liquido
del pianto.
L-Val1.0
Io scordarmi di te?
La spia sotto il cappottino
che attraversa trafelata
il cortile del condominio
oltre il diaframma della porta
come un'attrice
che dopo un'esitazione
esce dal film, dalla cornice
della sua recitazione
e mi misura dai piedi ai capelli
che si siede sul letto che tenevo
in sala ed è sola, persa
in un dolore che spera
io già conosca immersa.
Oppure la fanciulla elegante
con i pantaloni larghi
che imitano la gonna l'istante
che si ferma una sera d'estate
da Piazza Re di Roma non distante.
In Villa Celimontana, fiore patavino
tra le foglie oleandre;
e poi minuto corpicino
che mi fa sentire grande
nel riflesso del finestrino
sulla metro seduta affianco
alla mia camicia azzurra
tirata dal petto.
Dimentico tante cose,
ma questo no, prometto.
Titus Lucretius Carus, On the Nature of Things, V 529-533 (2022)
This is the subject of my teachings, and I go on to describe all the possible causes of the stars's movement across the Universe. Of these hypotheses, only one must be the right explanation, but what animates the bodies in the sky is still beyond the grasp of those who move at an honest pace through the path to Truth.
Candida e nera1.2 (luglio 2022)
Mi ricordo di averti seguita
quel giorno nel cuore del caldo
dietro i bimbi che si rincorrono
capelli neri, figura snella
ad Ur, sul baluginio dei muri
quattromila anni fa come ora
indaffarata in qualcosa
ti infilavi in un uscio.
Ero lì tra i buoi candidi
pigre divinità ora estinte
in Mesopotamia da migliaia
di alluvioni ormai sepolta.
E sono sicuro di averti vista
in auto, un pomeriggio di pioggia
tante generazioni a venire
in città, su un pianeta lontano
intorno una stella senza nome
in un ramo della Galassia.
Spigolosa e tenera il volto
senza etnia della ragazza
e senza epoca, candida e nera.
Gli zigomi larghi di popolazioni
che inseguivano da Est migrazioni
epiche di ungulati narrano,
commerci seminando e guerre,
candidi altari e neri averni.
La fronte ampia preserva secoli
di matematica e filosofia
dei pascoli attici di Euclide.
Sono arabi i capelli neri,
gli occhi scuri eppur luminosi
hanno visto a nord del Ciad l'Africa,
il crollo delle mura di Cartago.
Sigilla storie anonime di amori
vissuti tra papi e i soldati
nei vicoli di città operose
o anche nelle campagne immobili
del medioevo d'Europa, la bocca.
Un viso che racconta una storia,
quella dell'uomo: le luci epiche
e le tenebre di questa avventura
che è favolosa, candida e nera.
Candida e nera II, computo delle sillabe
L-Val 1.2 (agosto 2022)
Spia sotto il cappottino
che attraversa trafelata
il cortile del condominio
e il diaframma della porta
oltrepassa come un'attrice
che dopo un'esitazione
esce dal film, dalla cornice
della sua recitazione.
Si siede sul letto in sala
sempre sola comunque persa
è in un dolore che spera
io già conosca, immersa.
Oppure fanciulla elegante,
soavi vesti affusolate
che imitano la gonna l'istante
che si ferma, sera d'estate,
da Re di Roma non distante.
Sul Celio, fiore patavino,
oltre le foglie oleandre,
e poi minuto corpicino
vicino fa sentire grande
nel riflesso del finestrino
alla mia camicia affianco,
in metro, tirata dal petto.
Tante cose mi dimentico,
ahimè, ma questo no, prometto.
La retta e il punto 1.2 (3 agosto 2022)
Avevi dieci anni in vacanza
con i tuoi tu di me non ti ricordi
ma ero lì in Egitto di passaggio
per i fossili degli altipiani,
verso la terra degli Afariani.
Lì ti vidi e, seppi di amare
la donna che saresti diventata.
E allora pregai la dea nera,
fianchi bruni che cullano il mondo.
Siete divisi da troppe stagioni
non si può – disse – la legge non vuole.
Hai solo una donna nella vita
da culla a tomba, di volto in volto
sono sempre io, dovresti saperlo.
La ritroverai con un’altra voce,
dimenticati il suo vero nome.
Ma io pregai fino a farmi del male
la sedussi con arte che ignoravo
di avere e le strappai il patto
terribile che sarei stato statua
pur di poterti amare un giorno.
Tutto questo viaggio qui immobile
l’ho fatto solo per te, tesoro mio.
La dea ammonì che il tempo per me
non avrebbe ripreso e nel momento
in cui ti trovo ti perdo, resto indietro.
L’incontro dura l’intersezione
di una retta veloce con un punto,
tu devi andare e io sorrido
dietro presagio liquido di pianto.
The man who does not make his own tools does not make his own sculpture.
Irving Stone, The Agony and The Ecstasy
An analysis of the UK Biobank database carried out by Neale’s Lab pointed out a significant correlation between a region of chromosome 13 and females with self-reported Chronic Fatigue Syndrome (see this blog post). This result was further analyzed in a subsequent paper in which it was suggested that the causal variant within this region may be rs7337312 (position 13:41353297:G:A on reference genome GRCh37, forward strand) (Dibble J. et al. 2020). It is included in a regulatory region of gene SLC25A15, which encodes mitochondrial ornithine transporter I, and the potential biological effects of this variant have been discussed in the aforementioned study. I made an attempt at my own discussion of this variant (here).
It is not unusual for a GWAS study to associate a trait with a long sequence of variants belonging to the same chromosome and in a close physical relationship one with the other, due to high linkage disequilibrium often present between variants close to one another (see this blog post). Several methods have been developed in the last years to further refine the association and find the variant that causes the disease and drives the association of its nearby SNPs. These methods are based on both purely mathematical considerations and on the analysis of the known consequences of the variants, and we refer to them by the evocative name of fine-mapping (Schaid DJ et al. 2018).
I tried to develop my own method and software for a purely mathematical approach to fine-mapping and I applied it to the region associated with ME/CFS in females, and I found variant rs11147812 (13:41404706:T:C on h19) as the most likely causal one. The detailed discussion of the method I followed and the scripts I wrote are available here for download. It might be noted that this variant belongs to a genetic entity (pseudogene TPTE2P5) that harbors variants that have been strongly associated with the following hematic parameters (see GWAS catalog).
The alternative allele of rs11147812 has been reported to increase (effect size > 0) the expression of gene SLC25A15 in fat (see this page) with a p value of . Since the alternative variant is less frequent in patients than in controls, the prediction is that we have a reduced expression of SLC25A15 in fat, in female CFS patients.
Table. Significant associations between traits and variants of TPTE2P5.
Note. The header image shows the convergence of the linear method used by my script for fine-mapping the region on chromosome 13. The detailed discussion of the method I followed and the scripts I wrote are available here for download.
Non ho la mia età, lo sai. Ma non perché abbia vissuto meno degli anni sui documenti: la verità è che gli anni li ho tutti, tutti quelli della Storia.
Vestivo la musica con le ossa cave, nei Balcani: intagliavo le asole ai femori d’orso, cercando le note che vibrano dentro le note, d’istinto pesando le perle della serie trigonometrica di quel Jean Baptiste che mi sarebbe stato benevolo commilitone, sotto Napoleone, cinquecentocinquanta secoli dopo. Tutta la Terra era un bosco, che si diceva nero e infinito, come lo spazio per voi; i mari, galassie. Migravamo da costa a costa, inventando i monologhi dei miei flauti, e spesso era foresta per vite intere. Le colonne d’aria che avevo imparato ad ammaestrare coprivano i conati coraggiosi delle prossime puerpere e tacevano ai vagiti, piangevano quando nessuno danzava più, ci facevano incrociare in quella solitudine senza nomi, illuminavano la notte delle conifere come una torcia nell’universo. Cantavano la felicità che vi ha generati.
Ad Ur fui fabbro dei Caldei e poi, generazioni seguenti, e con un altro nome, sacerdote. Era una città piena di sole che abbacinava, dove le divinità ungulate emulavano i simulacri speculari, assorti nelle loro sfilate sul candore dei muri. Ho detto città, ma per noi allora quella parola significava solo l’ambizione ingenua di inquadrare l’universo in qualche decina di strade, templi, granai, e uffici. Da loro coltivai l’arte nuova della scrittura.
Cinquecento anni dopo, mezzo millennio di solite meraviglie e di dolori sempre diversi, fui in Egitto, a raccogliere esempi del teorema di Pitagora: gli egizi non concepivano dimostrazioni generali, Euclide doveva ancora nascere e io sarei stato poi illuminato e distrutto dall’ingegno superiore della sua vita breve. I figli di Rha erano collezionisti di casi particolari di ogni enunciato, e così, con un singolo teorema, si garantivano scoperte per l’eternità. Lì fui scriba e architetto, di nome in nome, poi scultore, con l’amico Thutmose.
Fu sotto lo sguardo indifferente e lontano del dio lupo, mezzo uomo, che vidi Asmara la prima volta, tra tutta quella umanità che si spostava come la polvere che diventa stelle nel raggio di una finestra, come i girini che si rincorrono nel gioco infantile. Era un giorno di mercato, un mercato d’oriente, commercio dei colori delle cose inutili, così fondamentali per vivere; di gioie e drammi, di uomini che svendono la loro miseria; di esercizi di astuzia, di cose da grandi che volano sopra la testa dei piccoli tenuti per mano; di ammiccamenti che ti farebbero parlare a lungo, se dovessi spiegare, di falsi ingegnosi e originali. E quel giorno, che è un punto di una successione infinita di gesti distratti e prosaico quotidiano, mi è presente più degli altri, anche ora. Anche allora, quando modellai la carne, sul cuore di calcite sedimentata per tutta la mia vita, del volto di Nefertiti, Nefertiti fu Asmara che Asmara non era già più. Odiai quel busto e non lo finii, perché amai l’originale. Eppure, tremila anni dopo, percorsi l’Europa in fiamme, fino al centro dell’inferno, per salvarlo dalla distruzione di Berlino.
Gli dèi nascono e poi diventano paura in frantumi, dimenticati nella sabbia come Anubi, si avvicendano; ma se Pitagora offrì all’eternità l’incastro durevole della ipotenusa coi cateti, io porterò Asmara – morta e dispersa da millenni – riflessa come allora su queste iridi di conifere e terra, per sempre.
Putin recognizes two new independent republics on the east border of Ukraine so that he can enter Ukraine, without formally entering it (February 23rd, 2022). In this satiric illustration, Putin is stretching Ukraine’s borders with its own hands, making room for two new independent republics which are created with the only aim of allowing the Russian army to enter Ukraine from the east side and buy some time for setting up the armaments for the big invasion.
We have here a paradox: what theory is it that is not correct unless it leaves open the possibility that it may be incorrect? Answer: the theory of probability.
P.W. Bridgman, The Nature of the Physical Theory
While reasoning on one of the biological problems I have been spending most of my time on, I encounterd a random variable that was the ratio between two random variables with a Beta distribution. Let’s say that and . Then, if we define the random variable , what is its density? What about its cumulative distribution function? And what can we say about its moments? I answered all these questions in this paper. The density, in particualr, is given by:
On the exact same subject there is a 1999 paper I am currently comparing to mine (Pham-Gia 1999). While writing my own paper I did not check for other works on the same topic, but if I had had to bet I would have said that this calculation had been performed a century ago; so I was astonished when I discovered that this density was first published only 20 years ago! This is further proof of how recent the application of calculus to statistics is.
PS. I have just checked the density by Thu Pham-Gia: it is equivalent to the one I found, even though they appear different at a first glance. I have added a paragraph to my paper to show the equivalence between these two densities. It is also worth mentioning that in addition, I calculated the cumulative distribution function, the expectation, the second-order moment, and the variance, while Pham-Gia presented the density along with related subjects and applications, in his 1999 paper.
In this document, I compare data from two COVID vaccine trials carried out in South Africa (the Ubuntu trial and the Sisonke sub-study). Both trials were conducted on unvaccinated subjects, asymptomatic at the time of enrollment. Among them, some were found positive to SARS-CoV-2, but while the variant was identified as Delta in the Sisonke sub-study, the Omicron variant was reported in asymptomatic subjects of the Ubuntu trial. By considering the proportion of SARS-CoV-2 positive subjects in these two populations, the average number of daily confirmed cases, and the percentage of unvaccinated South African citizens at the respective times of enrollment of the two trials, I calculated the proportion of asymptomatic infections for Omicron, in function of the same parameter for the Delta variant. I found that if we accept a proportion of asymptomatic infections of 17% for Delta, then we conclude that about 60% of all Omicron cases are asymptomatic, in unvaccinated subjects. This points towards significantly lower pathogenicity for the Omicron variant when compared to the Delta variant.
Introduction
The B.1.1.529 (Omicron) SARS-CoV-2 variant was first identified in Botswana and South Africa and was classified by WHO as a variant of concern (VOC) on 26 November 2021 (WHO website). As of 15 December 2021, the Omicron variant had already spread in 77 countries (especially in the United Kingdom, South Africa, and the United States) (Thakur V, Ratho RK, 2021). Omicron is characterized by a large number of mutations and deletions that seem to give it increased antibody escape capacity and enhanced transmissibility (Miller NL et al 2021). Yet, if we look at the number of deaths in South Africa (R), we note that despite a rapid increase in confirmed cases (most Omicron), it doesn’t follow the usual consequent increase (with a phase shift of two weeks). This suggests that Omicron is less dangerous than Delta, also considering that previous infection with Delta does not seem to protect against infection with Omicron (Garret N et al 2021) and that only 30% of the population of South Africa received at least one dose of vaccine (R).
In what follows I present a quantitative method for the comparison between the effect of Omicron and Delta on unvaccinated subjects. In particular, I calculate the ratio between asymptomatic SARS-CoV-2+ subjects and total SARS-CoV-2+ subjects for Omicron () in function of the same ratio for Delta (). We consider only subjects who did not receive any dose of vaccination against SARS-CoV-2. By considering only unvaccinated subjects, we eliminate the confounding effect of vaccination on the pathogenicity of Omicron and Delta. The aforementioned ratio might be considered one of the possible indexes of disease severity, while we wait for further data, according to the following assumption: the higher the number of asymptomatic carriers of a virus divided by the total number of carriers, the lower the pathogenicity of the virus. The derivation of the function is described in the Methods section.
Results
The function is plotted in Figure 1. It indicates the proportion of Omicron asymptomatic infections in function of the same proportion for Delta, in unvaccinated subjects. As you can see, the Omicron variant leads to a higher proportion of asymptomatic cases when compared to the Delta one. If we assume for Delta a value (Byambasuren O. et al. 2020), we have that The diagram has been plotted for two different choices of the ratio (the meaning of this ratio is explained in the following paragraph), but as you can see, it doesn’t change much whether you consider one value or the other.
Figure 1. The ratio of asymptomatic SARS-CoV-2+ subjects and total SARS-CoV-2+ subjects for the Omicron variant expressed in function of the same ratio for the Delta variant. All subjects are considered unvaccinated.
Methods
Let be the number of unvaccinated individuals positive to SARS-CoV-2 at a given time and the ratio between the unvaccinated individuals who are positive but are asymptomatic and . Then, the total number of the asymptomatic and unvaccinated carriers of the virus is . If is the total number of unvaccinated individuals without symptoms in a certain geographical region, then the ratio between asymptomatic and unvaccinated carriers of the virus and asymptomatic and unvaccinated individuals (no matter their positivity to the virus) is . We are interested in expressing in the case of the Omicron variant (let’s say ) in function of the same parameter in the case of the Delta variant (let’s say ). The following table collects the symbols we have just introduced. In what follows we will add a pedix for the Omicron variant and a pedix when we refer to the Delta variant.
The number of carriers of the virus who did not receive the vaccine.
The number of asymptomatic individuals who did not receive the vaccine. Their positivity to the virus is not specified.
The ratio between the asymptomatic carriers of the virus who are unvaccinated and .
The number of asymptomatic carriers of the virus who did not receive the vaccine.
Between December 2 and December 17, 2021, a total of 330 asymptomatic subjects from South Africa were enrolled in a phase III clinical trial (Ubuntu trial, PACTR202105817814362) to assess the relative efficacy of the COVID-19 vaccine mRNA-1273 (MODERNA). This population is exclusively made up of individuals who had not been previously exposed to any COVID-19 vaccine. This population included persons living with HIV (PLWH) with a median age of 39 years (18-76). Among them, 230 individuals were tested for SARS-CoV-2 by RT-PCR and 31% (71 subjects) turned out to be positive. Among them, 56 samples were successfully subjected to further investigations: all had S gene dropout, suggestive of Omicron infection (Garret N et al 2021). It is worth mentioning that positivity to Omicron does not correlate with previous exposure to SARS-CoV-2, in this population: in other words, previous exposure to other SARS-CoV-2 variants does not protect against Omicron. Positivity to Omicron does not correlate with CD4+ cell count in PLWH either, so it seems that HIV does not interfere with , the value we are interested in. If we now consider that the average daily number of confirmed new cases in South Africa for the interval December 2-17 is 18745, we can write
where is a multiplicative constant that accounts for all the possible errors in the measure of the positive symptomatic cases and also for the fact that we are here considering only unvaccinated subjects, while data available for confirmed cases does not distinguish between vaccinated and unvaccinated. Moreover, the number refers to average daily new cases, while we are in fact considering the number of total positive cases, at that point in time; so is also a way to get the latter from the former (assuming linear proportionality). Therefore, we can write
Another study carried out in South Africa between June and August 2021 during the Delta outbreak (Sisonke sub-study, NCT04838795) reported a percentage of asymptomatic carriers of 2.4% (39/1604) among unvaccinated subjects (Garret N et al 2021). The average number of daily reported cases, in this case, is 12181; hence we have
These last two equations give
We are here considering unvaccinated subjects, but while in the period December 2-17 (Omicron outbreak) the percentage of subjects who received at least one dose of vaccine was on average 30.65%, in the time frame June-August (Delta outbreak), the same percentage was only 10.65% (remember that in both cases we consider subjects from South Africa) (R). Then we must assume that and , therefore we have
This means that is given by
Note that we are here considering only unvaccinated subjects, while the number of reported cases includes both vaccinated and unvaccinated individuals. This means that can’t have the same value of . One possible choice is to assume
where we assumed that k is the error (underestimation) made in measuring positive cases, which is the same in both cases since it depends on the efficiency of the health care system, on the behavior of the population, and other factors that do not change; while and are directly proportional to the percentage of individuals who are unvaccinated and allow for the calculation of the number of positive individuals with no prior vaccination from the number of positive individuals (no matter the vaccination status). Another possible choice is to assume that the confirmed cases are mostly unvaccinated and in this case we would simply have
All that said, we can now express in function of and we get the plot in Figure 1. The script in Octave used to plot the figure is the one that follows. The number of confirmed cases has been retrieved from this website, in particular from this CSV file: (download).
% file name = omicron
% date of creation = 2/01/2022
clear all
close all
% the array of r_delta
steps = 100;
r_delta(1) = 0;
r_delta(steps) = 1;
inc = ( r_delta(100) - r_delta(1) )/(steps-1)
for i = 2:steps-1
r_delta(i) = r_delta(i-1) + inc;
endfor
% the array of r_omicron
for i=1:steps
ratio_r = (1 - r_delta(i))/r_delta(i);
ratio_k = 0.78;
r_omicron (i) = 12.92/((1.99*ratio_r*ratio_k) + 12.92);
ratio_k = 1.;
r_omicron2 (i) = 12.92/((1.99*ratio_r*ratio_k) + 12.92);
endfor
% plotting
plot (r_delta, r_omicron, '-k', "linewidth", 1)
hold on
plot (r_delta, r_omicron2, '--k', "linewidth", 1)
ylabel('r_{o} = (asymptomatic AND positive)/positive (Omicron)','fontsize',15);
xlabel('r_{\delta} = (asymptomatic AND positive)/positive (Delta)','fontsize',15);
axis equal;
axis([0,r_delta(steps),0,r_omicron2(steps)])
grid on
grid minor
legend ('k_{0}/k_{\delta} = 0.78', 'k_{0}/k_{\delta} = 1', 'location', "northwest", 'fontsize', 15);
Limitations
The main limitation of this method is the fact that the characteristics of the two populations considered (the one from the Ubuntu trial and the one from the Sisonke sub-study) were not considered, so we can’t say whether these two populations are comparable with respect to variables such as age, comorbidities, and previous SARS-CoV-2 infection. We don’t know how well these two populations represent the general population either.
Further comments and conclusions
From the present analysis, the Omicron variant shows a higher relative number of asymptomatic cases, when compared to the Delta variant, in unvaccinated subjects. This points towards lower pathogenicity for the new variant.
In Italy, as of 31 December 2021, the prevalence of Omicron was only 20% (R), so its effect on the number of deaths and hospital resource use has yet to be appreciated. At present, with Delta being the most prevalent variant in our country, the large majority of deaths and intensive care occupation is seen among unvaccinated subjects who are accepted in intensive care units 6.5 times more than vaccinated subjects (Figure 2) and die 5.2 times more frequently (Figure 3). If Omicron is really less dangerous than Delta for unvaccinated subjects, we will see a progressive convergence between the yellow curve and the blue one in both Figure 2 and Figure 3. The plots below will be updated as new data become available.
Figure 2. The number of subjects admitted to intensive care unit, in Italy, for 100,000 unvaccinated (yellow), vaccinated (blue), boosted (green) subjects. You can select a specific age range from the bar at the top of the plot.
The equations of this blog post were written using (see this article)
In celebration of the International Day of People with Disabilities, I would like to mention one of the most iconic movie characters with a disability: Darth Vader. With both his legs and both his arms amputated, he can move only thanks to very sophisticated prosthetic limbs. He also requires constant medical care and would not survive long without his highly technological suit. As Obi-Wan once said about him, he is “more a machine now than a man, twisted and evil.”
The character of Bane, the main villain in Nolan’s “The Dark Knight Rises”, follows pretty much this same paradigm: he also has a tragic past, he underwent mutilations like Anakin Skywalker, and just like him, he hides them behind a mask, that has also the function of keeping “the pain at bay” (this expression, pronounced by a secondary character in the movie, recalls the name with a reversed assonance: pain at bay, Bane; nomen omen). But while Darth Vader is a representation of totalitarianism (note how he reproduces Mussolini’s gestures in his fists on hips pose, by the way), Bane is more an incarnation of modern terrorism and offers a quite thoughtful insight into the genesis of it. Interestingly, both these epiphanies of evil (“necessary evil”, Bane explains and Darth Vader would probably agree) are very menacing and powerful, despite their physical limitations: the source of their superhuman strength seems to be their monumental rage, continuously nourished by jealousy and by the pain that curses both their consumed souls and their mutilated bodies. It is this hopeless grudge the mysterious engine that makes them more than just ordinary men, it is thanks to it that they can overcome disability. But there is a price to pay, these movies seem to prove: you can feed yourself on this limitless energy only if you turn it into destruction.
The character of Alex Murphy in the 1987 movie Robocop seems also pertinent in this context. He has in common with Darth Vader and Bane the search for vengeance, and that impossible anger that sits on the grave of his grief; but he is the good guy, the hero. Another important difference is that Murphy not only suffered extremely bad physical injuries (he is resuscitated by prosthetics of the whole body: only his brain and some other tissues have been spared by the men who tried to kill him); he also had brain damage, a kind of very pervasive post-traumatic brain injury exacerbated by the very same procedure used to bring him back to life by integrating his nervous system with mechatronic technology. So, Murphy is in a constant struggle for regaining some of the humanity of his previous life. In that sense, he is the most miserable and suffering among these three examples of cinematic disabilities. As Edward Neumeier (the screenwriter) somewhere said: “He [Alex Murphy] will never go back, he is always going to be something different: he is neither a man nor a machine, he is something different; he’s his own creature, maybe”.
It goes without saying that this kind of analysis takes into account only one of the layers these characters are the sum of. In each one of them, disability and mechanical replacement of their previous organic being is a metaphor for something lacking or gone in their soul, a deficiency in their humanity. But this is another story.
Disability does not necessarily make you a better person. On the contrary. When you meet a person with an important chronic health issue that precludes a normal life, consider that he might be consumed by anger and by hopelessly destructive sorrow. Especially, if not exclusively, when this mutilation has occurred at an early stage of his life.
. Since the alternative variant is less frequent in patients than in controls, the prediction is that we have a reduced expression of 
and 
. Then, if we define the random variable 
, what is its density? What about its cumulative distribution function? And what can we say about its moments? I answered all these questions in 
) in function of the same ratio for Delta (
). We consider only subjects who did not receive any dose of vaccination against SARS-CoV-2. By considering only unvaccinated subjects, we eliminate the confounding effect of vaccination on the pathogenicity of Omicron and Delta. The aforementioned ratio might be considered one of the possible indexes of disease severity, while we wait for further data, according to the following assumption: the higher the number of asymptomatic carriers of a virus divided by the total number of carriers, the lower the pathogenicity of the virus. The derivation of the function 
is described in the Methods section. 
(
The diagram has been plotted for two different choices of the ratio 
(the meaning of this ratio is explained in the following paragraph), but as you can see, it doesn’t change much whether you consider one value or the other. 
be the number of unvaccinated individuals positive to SARS-CoV-2 at a given time and 
the ratio between the unvaccinated individuals who are positive but are asymptomatic and 
. If 
is the total number of unvaccinated individuals without symptoms in a certain geographical region, then the ratio between asymptomatic and unvaccinated carriers of the virus and asymptomatic and unvaccinated individuals (no matter their positivity to the virus) is 
. We are interested in expressing 
for the Omicron variant and a pedix 
when we refer to the Delta variant.
is a multiplicative constant that accounts for all the possible errors in the measure of the positive symptomatic cases and also for the fact that we are here considering only unvaccinated subjects, while data available for confirmed cases does not distinguish between vaccinated and unvaccinated. Moreover, the number refers to average daily new cases, while we are in fact considering the number of total positive cases, at that point in time; so 
and 
, therefore we have 
. One possible choice is to assume 
and 
are directly proportional to the percentage of individuals who are unvaccinated and allow for the calculation of the number of positive individuals with no prior vaccination from the number of positive individuals (no matter the vaccination status). Another possible choice is to assume that the confirmed cases are mostly unvaccinated and in this case we would simply have 
(see 
paolo maccallini 